יותר מ־800 קלפיות יוצבו ביחידות צה"ל לקראת הבחירות לכנסת – כמאה קלפיות יותר מבמערכת הבחירות הקודמת – שבה הוצבו 709 תיבות הצבעה. להבדיל ממערכת הבחירות הקודמת, קלפיות יוצבו גם מעבר לגבולות ישראל בשביל הכוחות שהוצבו שם. העלייה במספר הקלפיות נעוצה גם בפריסת הכוחות הנרחבת. במערכת הבחירות הקודמת הגיע שיעור ההצבעה בצה"ל ל־73%, ובצבא מעריכים כי שיעור ההשתתפות יהיה דומה גם הפעם.

כל חיילי הסדיר והמילואים יהיו זכאים להצביע בכל קלפי, צבאית או אזרחית. ההצבעה נעשית במעטפות כפולות כדי לוודא את זכאות המצביע ולמנוע הצבעה כפולה. ההצבעה בצה"ל תחל כבר ב־20 באוקטובר, ותימשך שבעה ימים עד יום הבחירות עצמו. זאת כדי שגם חיילים המשרתים בכלי שיט, במוצבים מבודדים או בפעילות מתוכננת יוכלו לממש את זכותם להצביע. כ־25% מהקלפיות הצבאיות יהיו ניידות, וינועו בין היחידות על פי לו"ז מתוכנן מראש. כל קלפי ניידת תלווה בקצין או בנגד חמוש שיופקד על אבטחתה, ובזמן המעבר בין הנקודות יינעל המכסה המשני שלה.

אף שמהלכי ההצבעה מתואמים עם ועדת הבחירות המרכזית, האחריות לביצועם בפועל מוטלת על צה"ל. על ההיערכות לבחירות בצבא ממונה אל"ם ורד בן יהודה, ראש מרכז תעסוקת עובדי צה"ל, לאחר שמונתה לקצינת הבחירות הצה"לית. בסך הכול נמנים עם המערך מאות קצינים וכ־3,000 חיילים שעברו הכשרה ייעודית. כל ועדת קלפי תורכב מארבעה חברים, שהם חיילים בשירות חובה עד דרגת סמל ראשון – אך בנקודות הקצה יתאפשר שילוב נגדים ואנשי מילואים בוועדה.

תפקיד מערך הבחירות נחשב לטכני ולארגוני בלבד, ומטרתו היא הנגשת ההצבעה ושמירה על תקינות ההליך, בלי עיסוק בתוכן הפוליטי. חלק מרכזי בהיערכות נועד להסברת הכללים, ובפרט משום שמרבית החיילים בשירות סדיר מצביעים בפעם הראשונה בחייהם. במסגרת זו צה"ל מפיץ הנחיות ברשתות הפנימיות ובתקשורת, ומנחה את המפקדים בנוגע למותר ולאסור בתקופת בחירות – ובכלל זה גבולות השיח הפוליטי ביחידות, ושימת דגש בחשיבות שבשמירת הצבא מחוץ למפה הפוליטית. בצה"ל אומרים שבמקרים שבהם תזוהה חריגה מהנהלים – כגון אמירות פוליטיות או בעייתיות מפי מפקדים – יינקטו סנקציות משמעתיות תקיפות.